左の図は、アリークロッピングが理想的に機能した場合の概念を示したものです。図の樹木はマメ科の植物です。根に根粒を持っており空気中の窒素を固定する根粒菌が共生しています。窒素は植物の生長に欠かせない栄養成分です。深層まで達した根は農作物が通常利用し得ない土壌栄養を吸収し枝葉となって地表に出てきます。光合成によってさらに養分を蓄えた枝葉は地表に落ち、表土を被覆し水の蒸散や排出および土壌浸食を抑制します。枝葉は次第に分解され土を肥やし、作物の栄養となり、有機物が豊富な土壌状態を保つ働きをします。

この循環は、ひとつの自然生態系、すなわちエコシステムが畑の中で出来上がった状態です。アリークロッピングは、人工的に人が管理しやすい形でエコシステムを作り、その恩恵を利用する方法といえます。